GRIOTE (2014-2018)

Groupement de Recherche en Intégration de données Omics à Très grande Echelle est un projet fédérateur de la bioinformatique en région Pays de la Loire. Il est porté par Jérémie BOURDON, professeur à l’Université de Nantes et comprend quinze partenaires locaux qui possèdent une composante bioinformatique dans leur laboratoire.

Contexte :

Un objectif majeur des sciences du vivant est d’expliquer l’origine d’un phénotype particulier observé chez un individu à partir des informations portées par son génome. Cependant, la relation entre les caractères observés chez un individu et l’ensemble de ses gènes - ce que l’on désigne par la relation phénotype/génotype - s’avère très complexe. Pour expliquer la plupart des phénotypes, il est nécessaire non seulement de rechercher tous les acteurs moléculaires impliqués mais également de comprendre leurs relations à différentes échelles d’organisation.

Approches réalisées :
  1. Mieux fédérer le réseau de bioinformaticiens dans la région Pays de la Loire, en particulier les laboratoires développant des algorithmes et logiciels d’analyse avec les utilisateurs biologistes - bioanalystes
  2. Production d’une base de données liant phénotype et génotype avec une interface conviviale sous la plateforme Galaxy (travaux effectué par Camille Trottier)
Nos partenaires sur ce projet:
  • le Laboratoire des Sciences du Numérique de Nantes (LS2N – UMR 6004 – Nantes), Université de Nantes, Centrale Nantes, CNRS, École des Mines de Nantes,
  • l’unité BioPolymères, Interactions, Assemblages (BIA – UR 1268 – Nantes), INRA,
  • l’Institut du Thorax (UMR 1087 – Nantes), INSERM, CNRS, Université de Nantes,
  • l’Institut de Recherche en Horticulture et Semences (IRHS – UMR 1345 – Angers), INRA, Agrocampus Ouest, Université d’Angers,
  • le Laboratoire d’Etude et de Recherche en Informatique d’Angers (LERIA – EA 2645 – Angers), Université d’Angers,
  • l’Unité Fonctionnalité et Ingénierie des Protéines (UFIP – UMR 6286 – Nantes), CNRS, Université de Nantes,
  • le Laboratoire de NeuroBiologie et Transgénèse (LNBT – EA 3143 – Angers), Université d’Angers,
  • le Centre de Recherche en Cancérologie Nantes-Angers (CRCNA – UMR 892 INSERM et 6299 CNRS – Nantes), INSERM, CNRS, Université de Nantes, Université d’Angers,
  • l’unité Sécurité des Aliments et Microbiologie (SECALIM – UMR INRA ONIRIS 1014 – Nantes), INRA, Oniris,
  • l’Institut de Transplantation, Urologie et Néphrologie (ITUN – UMR 1064 – Nantes), INSERM,
  • le laboratoire de Biologie Neurovasculaire et Mitochondriale Intégrée (BNMI – UMR INSERM 1083 et CNRS 6214 – Angers), CNRS, INSERM,
  • l’unité Biologie, Epidémiologie et Analyse de Risque en santé animale (BioEpAR – UMR 1300 – Nantes), INRA, Oniris,
  • le laboratoire Mer, Molécules, Santé (MMS – EA 2160 – Nantes), IUML (Institut Universitaire Mer et Littoral – FR CNRS 3473), Université de Nantes.