Eléments Transposables
Actuellement, le laboratoire PBA mène un programme d’amélioration de la microalgue Tisochrysis lutea. Selon l’espèce, les microalgues ont un temps de génération de l’ordre de la journée, suggérant une évolution génomique rapide en présence de stress environnementaux. Il est donc crucial d’estimer, au cours du temps, la stabilité génomique de souches domestiquées pour appréhender la conservation de leurs critères d’intérêt. A l’échelle génomique, des séquences d’ADN répétées, nommées éléments transposables (ETs), sont capables de se déplacer dans le génome hôte et de générer des mutations. Leurs déplacements sont connus pour être induits par des stress environnementaux et peuvent causer des modifications phénotypiques. L’étude de l’activité des ETs chez Tisochrysis lutea permettra d’obtenir une estimation de la stabilité génomique de cette espèce.
Approches réalisées :
- Construction d’un pipeline pour identifier-classer-annoter les éléments transposables dans un génome d’espèce non modèle : Pirate Pipeline.
- Identification des éléments transposables potentiellement actifs (séquençage et comparaison de génomes).
